1973年1月，增设渔业机械系、渔船修造系、基础部和渔业电子仪器专业。

1979年12月，厦门水产学院、上海水产学院正式分开独立办学。

1984年10月，成立中央农业管理干部学院厦门水产分院。

1985年，水产加工系更名为水产品加工系，新设水产品贮藏与加工专业（专科）。

1987年3月，原有海洋渔业系、水产品加工系、渔业机械系更名为水产养殖系、食品工程系、机械与电子工程系，新设管理工程系。

1994年10月，厦门水产学院与集美学村的集美航海学院、福建体育学院、集美财经高等专科学校、集美师范高等专科学校合并组建集美大学，更名为集美大学水产学院。

1999年1月，集美大学实现实质性合并，集美大学水产学院的经贸系的专业调整合并到财经学院；电子测量与仪器专业与原集美航海学院的通信工程、自动化专业合并组建成计算机工程学院；中央农业管理干部学院厦门水产分院归入成人教育学院；保留水产养殖系、食品工程系、机械与电子工程系、管理工程系（1997年更名为海洋渔业科学系）。

2000年6月，食品工程系从集美大学水产学院分出，成立集美大学生物工程学院。

2001年2月，食品工程系从水产学院分出，成立集美大学生物工程学院。

2013年5月，集美大学机械工程学院更名为集美大学机械与能源工程学院。

2014年4月11日，生物工程学院更名为食品与生物工程学院。

2019年7月，食品与生物工程学院的环境工程系及环境工程专业并入工程技术学院，改为“港口与环境工程学院”。

2021年4月30日，食品与生物工程学院更名为海洋食品与生物工程学院；集美大学机械与能源工程学院更名为集美大学海洋装备与机械工程学院。