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旨在培养具备化学、药学和化学工程与技术基本知识，具有化学药物合成与分析、制药工艺研究、制药工程设计、药品生产过程与产品质量控制的基本技能，具有强烈社会责任感与人文情怀、坚实学科专业基础与卓越创新创业能力、深厚传统文化底蕴与宽广国际视野的高素质人才。
标准学制4年，实行弹性修读年限，弹性区间为3～8年。修业合格，授予工学学士学位。
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山东省高水平应用型立项建设专业，校重点建设专业，设有药学与工艺、工程与设备两个专业方向。
专业办学实力雄厚，拥有“山东省高校天然产物与医药中间体开发重点实验室”和济宁市“天然产物与医药中间体开发科技创新团队”。特别在药物分析、药物设计与合成、天然产物、医学检测器件等方面，师资力量雄厚，成绩突出。与孔府制药、天利药辅等多家制药企业合作建有稳定的校外实习实训平台。
近5年来，承担国家基金等省级以上科研项目30余项，签订校企合作项目总金额200余万元，本科生承担多项国家级科研训练计划项目，在省级以上比赛中获奖励20余项。
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高等数学、普通物理、无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、仪器分析、化工原理、化学反应工程、药物化学、药物与药物中间体合成、药物分析、制药工艺学、药剂学、工业实习等。
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化学一级学科硕士点、材料与化工专业学位硕士点
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精细化工及制药领域相关企事业单位研发管理人员；考取公务员或事业编；考取硕士研究生。
2021年制药工程专业毕业生考研率52.5%；就业率95%以上。
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